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Available Thesis
Bioinfo&sensors
Thesis supervisor: Luca Benini
People involved: Elisa Ficarra, Christine Nardini, Daniele Masotti,
Carlotta Guiducci, Claudio Stagni Degli Esposti
Proposta di TESI IN BIOINFORMATICA
Parallelamente al lavoro di decodifica del genoma
umano la bioinformatica ha avuto un grande principalmente a
causa dell'elevato numero di informazioni rese disponibili,
e della conseguente necessità di trattare i dati con
tecniche automatizzate (data mining).
In particolare, negli ultimi 15 anni sono stati sviluppati supporti
che permettono l'analisi di dati genetici con elevato parallelismo,
ormai a livello genomico (ovvero studio contemporaneo dell'intero
corredo genetico di un dato organismo). Questi supporti -microarrays-
forniscono una mole di dati che necessita dell'uso di tecniche
informatiche e/o statistiche per la loro analisi.
Per trarre il massimo vantaggio da questi supporti di dati,
si sono sviluppate, e si stanno tuttora sviluppando, tecniche
in grado di estrarre con un certo margine di sicurezza, geni
che abbiano comportamenti rilevanti nello studio di determinati
meccanismi molecolari (sani o patologici).
Il progetto di tesi dovrà proseguire il lavoro di implementazione
e miglioramento di un algoritmo per l'estrazione di dati genomici.
L'obiettivo è di arrivare al completamento dell'estensione
dell'algoritmo, con validazione su dati genomici reali.
Per informazioni contattare: Christine
Nardini o telefonare 051-2093787
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| Sono disponibili tesi di maggiore impegno nell'ambito
dell'elaborazione di segnali e immagini di molecole di DNA.
In particolare verranno studiati e implementati algoritmi di
filtraggio del rumore ed elaborazione di dati sperimentali quali
segnali ed immagini con lo scopo di determinare proprietà
strutturali e funzionali del DNA utili alla ricerca medica e
biogenetica. Le tesi verranno svolte in ambiente C e matlab.
Data la forte interdisciplinarità degli argomenti
trattati, le tesi saranno svolte in collaborazione con laboratori
di biologia molecolare e di medicina.
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Sede di lavoro: DEIS (Dipartimento di Elettronica,
Informatica e sistemistica - Università di Bologna).
Durata: 6-8 mesi.
Il lavoro di tesi consente l'approfondimento di tecniche
di programmazione nei linguaggi C e Matlab, con particolare
riferimento ad algoritmi di image e signal processing. Attraverso
l'elaborazione di informazioni biologiche come la struttura
statica e dinamica del DNA, i meccanismi di interazione DNA-proteine
e lo studio delle proprietà strutturali e funzionali
delle proteine, consente inoltre di acquisire competenze nel
campo della bioinformatica.
Requisiti:
# Conoscenza di programmazione in linguaggio C e/o Matlab
Per informazioni rivolgersi a:
Ing. Elisa Ficarra (tel. 051-2093782) eficarra@deis.unibo.it
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| È disponibile una tesi di Laurea di maggiore
impegno sullo Sviluppo di sistemi miniaturizzati per l'analisi
di campioni biologici tramite lo studio degli effetti elettrici
di interazione molecolare. Questa proposta si inserisce nell'attività
di ricerca e realizzazione di dispositivi bioelettronici microfabbricati
finalizzati al riconoscimento di acidi nucleici (DNA), antigeni
e proteine, tali da poter essere integrati in Microsistemi (MSTs)
che costituiscano veri e propri strumenti di analisi portatili,
capaci di gestire e contenere il campione, analizzarlo ed elaborare
i segnali in uscita.
Dovendo usufruire delle diverse competenze necessarie in
un ambito interdisciplinare, il laboratorio si avvale di collaborazioni
negli ambienti delle biotecnologie e della medicina, nonchè
dell'attività coordinata di strutture in grado di sviluppare
i processi tecnologici richiesti dalla microfabbricazione.
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Sede di lavoro: DEIS (Dipartimento di Elettronica,
Informatica e sistemistica - Università di Bologna).
Durata: 6-8 mesi.
Durante lo svolgimento del progetto si avrà modo di
acquisire competenze nell'utilizzo di strumenti CAD per il
design di microsistemi elettro-meccanici (MEMS), nella conoscenza
delle tecnologie microelettroniche di realizzazione dei biosensori
e nella teoria dell'interazione tra dispositivo elettronico
e molecole biologiche.
Testimoni della crescita consistente della bioelettronica
nell'ambito delle micro e nano tecnologie, dell'interesse
e degli investimenti operati negli ultimi anni da parte di
aziende di microelettronica e gruppi di ricerca, valutiamo
che lo svolgimento della tesi di laurea nell'ambito di questo
progetto possa costituire un'esperienza largamente spendibile
in un settore di grande attualità.
Requisiti:
# Flessibilità necessaria per affrontare progetti
fortemente interdisciplinari.
Per informazioni rivolgersi a:
Ing. Carlotta Guiducci (tel. 051-2093782) cguiducci@deis.unibo.it
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Tesi: Sensori uv per riconoscimento DNA
Relatore: Bruno Riccò
Persone coinvolte: Massimo Lanzoni, Claudio Stagni |
Per
informazioni contattare il Prof. Bruno Ricco' o via e-mail
o in studio (0512093018). |
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For thesis and other experiences abroad or in companies, please
contact Luca Benini, Bruno Riccò, Cecilia Metra and Massimo
Lanzoni.
Per tesi e tirocinii all'estero o in azienda contattare direttamente
i professori. Visita anche le pagine della ricerca
dei singoli sotto-gruppi e professori.
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