D.E.I.S. - UNIVERSITA' DI BOLOGNA
Dipartimento di Elettronica, Informatica e Sistemistica


 
Home About People Research Teaching & Thesis Events & News Publications Links Contacts

Microelectronics Research Group
Available Thesis

Available Thesis

Bioinfo&sensors
Thesis supervisor: Luca Benini
People involved: Elisa Ficarra, Christine Nardini, Daniele Masotti, Carlotta Guiducci, Claudio Stagni Degli Esposti

 
Proposta di TESI IN BIOINFORMATICA
Parallelamente al lavoro di decodifica del genoma umano la bioinformatica ha avuto un grande principalmente a causa dell'elevato numero di informazioni rese disponibili, e della conseguente necessità di trattare i dati con tecniche automatizzate (data mining).
In particolare, negli ultimi 15 anni sono stati sviluppati supporti che permettono l'analisi di dati genetici con elevato parallelismo, ormai a livello genomico (ovvero studio contemporaneo dell'intero corredo genetico di un dato organismo). Questi supporti -microarrays- forniscono una mole di dati che necessita dell'uso di tecniche informatiche e/o statistiche per la loro analisi.
Per trarre il massimo vantaggio da questi supporti di dati, si sono sviluppate, e si stanno tuttora sviluppando, tecniche in grado di estrarre con un certo margine di sicurezza, geni che abbiano comportamenti rilevanti nello studio di determinati meccanismi molecolari (sani o patologici).
Il progetto di tesi dovrà proseguire il lavoro di implementazione e miglioramento di un algoritmo per l'estrazione di dati genomici. L'obiettivo è di arrivare al completamento dell'estensione dell'algoritmo, con validazione su dati genomici reali.

Per informazioni contattare: Christine Nardini o telefonare 051-2093787
Sono disponibili tesi di maggiore impegno nell'ambito dell'elaborazione di segnali e immagini di molecole di DNA. In particolare verranno studiati e implementati algoritmi di filtraggio del rumore ed elaborazione di dati sperimentali quali segnali ed immagini con lo scopo di determinare proprietà strutturali e funzionali del DNA utili alla ricerca medica e biogenetica. Le tesi verranno svolte in ambiente C e matlab.

Data la forte interdisciplinarità degli argomenti trattati, le tesi saranno svolte in collaborazione con laboratori di biologia molecolare e di medicina.

Sede di lavoro: DEIS (Dipartimento di Elettronica, Informatica e sistemistica - Università di Bologna).

Durata: 6-8 mesi.

Il lavoro di tesi consente l'approfondimento di tecniche di programmazione nei linguaggi C e Matlab, con particolare riferimento ad algoritmi di image e signal processing. Attraverso l'elaborazione di informazioni biologiche come la struttura statica e dinamica del DNA, i meccanismi di interazione DNA-proteine e lo studio delle proprietà strutturali e funzionali delle proteine, consente inoltre di acquisire competenze nel campo della bioinformatica.

Requisiti:

# Conoscenza di programmazione in linguaggio C e/o Matlab

Per informazioni rivolgersi a:

Ing. Elisa Ficarra (tel. 051-2093782) eficarra@deis.unibo.it

È disponibile una tesi di Laurea di maggiore impegno sullo Sviluppo di sistemi miniaturizzati per l'analisi di campioni biologici tramite lo studio degli effetti elettrici di interazione molecolare. Questa proposta si inserisce nell'attività di ricerca e realizzazione di dispositivi bioelettronici microfabbricati finalizzati al riconoscimento di acidi nucleici (DNA), antigeni e proteine, tali da poter essere integrati in Microsistemi (MSTs) che costituiscano veri e propri strumenti di analisi portatili, capaci di gestire e contenere il campione, analizzarlo ed elaborare i segnali in uscita.

Dovendo usufruire delle diverse competenze necessarie in un ambito interdisciplinare, il laboratorio si avvale di collaborazioni negli ambienti delle biotecnologie e della medicina, nonchè dell'attività coordinata di strutture in grado di sviluppare i processi tecnologici richiesti dalla microfabbricazione.

Sede di lavoro: DEIS (Dipartimento di Elettronica, Informatica e sistemistica - Università di Bologna).

Durata: 6-8 mesi.

Durante lo svolgimento del progetto si avrà modo di acquisire competenze nell'utilizzo di strumenti CAD per il design di microsistemi elettro-meccanici (MEMS), nella conoscenza delle tecnologie microelettroniche di realizzazione dei biosensori e nella teoria dell'interazione tra dispositivo elettronico e molecole biologiche.
Testimoni della crescita consistente della bioelettronica nell'ambito delle micro e nano tecnologie, dell'interesse e degli investimenti operati negli ultimi anni da parte di aziende di microelettronica e gruppi di ricerca, valutiamo che lo svolgimento della tesi di laurea nell'ambito di questo progetto possa costituire un'esperienza largamente spendibile in un settore di grande attualità.

Requisiti:

# Flessibilità necessaria per affrontare progetti fortemente interdisciplinari.

Per informazioni rivolgersi a:

Ing. Carlotta Guiducci (tel. 051-2093782) cguiducci@deis.unibo.it

Tesi: Sensori uv per riconoscimento DNA
Relatore: Bruno Riccò
Persone coinvolte: Massimo Lanzoni, Claudio Stagni
Per informazioni contattare il Prof. Bruno Ricco' o via e-mail o in studio (0512093018).
   

 

For thesis and other experiences abroad or in companies, please contact Luca Benini, Bruno Riccò, Cecilia Metra and Massimo Lanzoni.

Per tesi e tirocinii all'estero o in azienda contattare direttamente i professori. Visita anche le pagine della ricerca dei singoli sotto-gruppi e professori.

--------------
Old site
Link to old thesis page



 

 



Micrel Lab @ DEIS - Dipertimento di Elettronica, Informatica e Sistemistica - Facoltà di Ingegneria - Università di Bologna - Viale Risorgimento 2 40136- Bologna - fax 0512093785 - tel 0512093782